不幸的事件接连发生
在拍摄期间，剧组内部发生的事故可谓层出不穷。基努·李维斯姐姐的癌症复发了，扮演墨菲斯的费什伯因手腕严重扭伤；女主角凯瑞·安妮摩斯的腿骨断裂；原定扮演主要配角的年轻歌手阿丽雅尚未到剧组报到，便于2001年8月25日在一起坠机事故中身亡。幸亏她的镜头本来就不多，重拍起来也比较简单，因此她的角色没有多少麻烦地就被诺拉·盖亚补上。然而，祸不单行的是，仅仅一个月之后，扮演“先知”的老演员格罗莉亚·福斯特又因糖尿病不治身亡。当时她已经拍完《重装上阵》的所有镜头，但还未开拍第3集的戏份。到目前为止，沃卓斯基兄弟怎样处理她在第3集《矩阵革命》中的戏份仍然是个谜。取消这个角色是不可能的，因为她是个至关重要的角色。除了失去剧组中最老和最年轻的两位演员外，这中间接着发生了“9.11”事件，整个剧组人员士气低落，有的演员甚至因为不敢坐飞机而打算退出演出。幸好曾参与第一集演出的主要演职人员无一打退堂鼓，在大家的共同努力下，坚持完成拍摄任务。
“钱”题下一拖再拖的拍摄进度
连串的困难，加上沃卓斯基兄弟不断追求电影质量的精益求精，使得这两部续集的拍摄严重超支和延期。本来预计到2002年5月就结束所有的镜头拍摄的，结果这项工作直到当年的8月21日，才正式结束。由于延期和沃卓斯基兄弟强烈要求提升特效质量，影片主投资商华纳制片公司不得不追加制作旨。在2002年2月的时候，两部续集的预算还是2亿5千万美元，到了当年的11月份，预算就不得不追加到了3亿美元，估讲实际总花费可能还超过了这个数字。这3亿美元当中，有1个亿是完全花在特效制作上，其中光是第3集《矩阵革命》中17分钟的高潮戏就花掉了大约4700万美元，相当于当年第1集的总制作费的三分之二。不过，对于视效总监约翰·加塔来说，他们两部续集同时拍摄的方法还是节约了不少成本的。用乔·西佛的话说，就是用1.5部超级大片的制作费，拍出了两部完美的超级大片·
《黑客帝国》的两部续集采用同期拍摄的方法，总共花了270天进行主要的拍摄工作，而后期制作则一直持续到电影上映前几周。
巨资修建高速公路
《重装上阵》中最紧张刺激的14分钟是在高速公路上的一段打斗戏。对于尼奥·墨菲斯、翠尼蒂等人来说，有一条最重要的生存之道，就是“永远不要上高速公路”。因为公路上的密集人群为特工们提供了足够的身体躯壳。而在《重装上阵》里他们还是上了，那一长达14分钟的场景也是全片最令人难忘的集特效之大成的片段：人物在高速行驶的车辆间跳来跳去，从高处跃下将车头砸个稀巴烂，车顶超高速的武打场面……
这段场面是活桌斯基兄弟最先拍摄的部分。他们花了几个月寻找合适的公路。对于这条路，他们的要求是要有一种“未世感”。想当然有“未世感”的公路在城市中恐怕是不易寻见的，于是沃卓斯基兄弟提出了一个令所有人下巴掉地的建议：自己建一条！
2001年2月，他们找来一个装修队，提出修建一条2英里的高速环路的要求，这条路必须与真实的高速公路一模一样：有出口指示牌、有陆桥、有斜坡等等。建造地点选在加州的一个海军基地。刚听到此事时，装修队几乎晕倒。“他们几乎就是直接拒绝了：‘我们绝对不干这事’。他们绝对无法相信这条路仅仅是为拍一部电影而修。”执行制片人格兰特·希尔回忆道“他们问：‘你们知道这要花多少钱吗？’“他们当然知道：每1/4英里的造价为30万美元，也就是说，一共要付出240万美元——仅仅为了修一条公路。”我们听了以后互相打量了一下，说‘好吧，成交。’”
在建造高速公路的同时，豪华先进的机动车“工程”也紧随其后。通用汽车公司为这两部续集赞助了整整300辆各种类型的机动车，从轿车到18轮货柜车都有，结果这些车都在拍摄高速公路追车那场戏中报销了！其中包括2003版的两款卡迪拉克最新车型：12辆CTS和12辆EXT。
通用公司如此舍得花血本投资，还是要缘于《黑客帝国》续集所能带来的广阔的社会效应。通过电影，通用公司充分展示了卡迪拉克车型卓越的操控性能和与《黑客帝国》环境一般超酷的外形，等于义务做了一次影响最大的广告。《黑客帝国》市场前景的普遍看好，美国超高精细度影院系统IMAX院丝已经与华纳展开密切合作，于2003年6月6日发行《重装上阵》的IMAX版本，更表示要在今年11月7日和帝通版同步发行《帝国革命》。这还是IMAX历史上首次对一部非自己制作的影片如此热心。
高难度的演技挑战
在拍摄过程中，主要演员们也经历了种种磨难。有报道说，基努·李维斯经常在片场像一头狼一样嚎叫。大家不要以为他是在进行自己组建的“狼”乐队的新曲排练，实际上这是他对抗拍摄压力的一种情绪发泄，据他自己说有提神醒脑、增强信心的作用。
在两部续集中，基努·李维斯一共有七场主要打斗场影，基中光是在Burly Brawl 那一场，他便有500个连续动作，超过他在《黑客帝国》第1集中施展的动作总数！为此，他必须进艰苦的体能训练和高难度的动作排练。他自己也是个追求完美的人，结果总是被沃卓斯基兄弟和袁和平不断推向体能的极限。导演还为他订做了特别食品：有打斗场景时，就光吃新鲜肉类，如牛肉；没有打斗场景时，就吃鱼、米饭和蔬菜。几个月下来，基努的体型比第1集更为挺拨，看起来要比实际身高高出那么几英寸的样子。
连续高强度的训练效果的确显著。基努不仅亲身完成所有的动作，在完成的速度和力度上都比第1集有了很大提高。拍摄第1集时，他脖子受伤未痊愈，因此袁和平就多为他设计手和腿的动作；在续集里他没有伤病的借口了，包含全身运动的高难度复杂动作便接踵而来，使得他不得不经常一歇下来就把自己泡在冰水里。不过他的功夫确实提高很快，再也没有第1集中给人以花架子的感觉，连安尼摩斯都相信他确实能Kick
Some asses!
凯瑞·安妮摩斯自己在拍摄过程中也是经常伴随着伤痛。她在做一次空中落地动作时，由于估计失误，导致大腿肌肉拉伤，踝关节韧带也有损伤，使她不得不休息了6周不拍武戏。其他演员方面，费什伯恩玩日本武士刀时弄伤了手腕，而雨果·维文的额头被特技人员不小心敲了一棒子！
谈到《重装上阵》高潮戏之一的追车场面，安妮摩斯回忆起来仍心有余悸，因为她很讨厌摩托车，以前根本就没有骑过！而高速公路追车一场，要求她亲身上场，不带头盔驾驶大型运动摩托车，以60英里的时速逆行，后面还载着“解锁人”！这真是一场名副其实的“挑战死亡”场景。家人都认为她要做那样的动作简直是自寻死路，她自己也曾一度犹豫，不过在最后关头她还是勇敢地完成了所有动作。痛定思痛，安妮摩斯表示《黑客帝国》系列将是她最后一部动作电影，以后她要多演一些自己喜欢的感情戏了。
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